民國83年起，前任部主任何橈通教授，接續前任部主任楊志剛教授提昇本院研究及教學品質，現任部主任林幸榮教授，繼續推動以下重要措施：

1. 民國84年成立「生物醫學統計小組」：由教學研究部召集，於該年8月擴大院務會議中宣布成立此一跨科部之任務編組，以協助醫學研究之計劃審查、研究設計、統計分析、論文撰寫等工作，並結合醫學專家和生物統計專家，共同提昇研究品質暨推動生物統計在醫學之應用發展，對提昇同仁醫學研究品質，成就斐然。

2. 民國86年成立「整合性腦功能研究小組」：鑑於國際上巨觀腦造影的研究趨勢，建立(1)以高磁場磁振造影(MRI)從事腦部及身體各部位之常態及病態功能性研究，(2)利用PET及kinetic modeling 進行腦活體造影研究，及(3)透過腦磁波(MEG)及腦電波(EEG)探究腦網路神經元活動之時序機轉等，由謝仁俊教授和林永煬教授負責。本計畫榮獲臺北榮總四十週年院慶評為重大學術成就之一。

3. 成立分子醫學中心：有鑒於人類基因體醫學及基因治療方面之研究進展神速，歐美及日本等先進國家之各大醫學院及醫院紛紛成立分子醫學中心，並希望能藉此整合及推動本院分子醫學相關之研究，於民國85年，成立本院的「分子醫學中心」，開幕暨學術研討會於致德樓第三會議室舉行，邀請輔導會六處孫葵功處長、衛生署張博雅署長、國家衛生研究院吳成文院長、陽明大學學張心湜校長及徐明達與吳國海院長、中研院彭汪嘉康院士、楊文光教授及生醫所、台中及高雄榮總之貴賓共同參與。此為本院醫學研究方面之重大進展，且本院為發展分子醫學，於教研部下設三個實驗室：一、分子醫學共同實驗室與臨床共同實驗室；二、結構生物學實驗室；三、基因重組實驗室等，分別由朱廣邦、王錦鈿、蕭明熙、蕭廣仁、周成功及戚謹文等研究員負責。其任務負有推動、加強與整合本院及院際有關分子醫學之研究與訓練工作

4. 民國86年成立「教學改進小組」：為協助陽明大學醫學系發展PBL教學及醫學人文教育，在醫學教育委員會下成立此一任務小組，並於教研經費項下撥出部份經費，鼓勵教職同仁申請教學計畫研究，進行醫學教育改革。由本院提供行政支援，並辦理第一屆PBL教學研習營。至民國93年7月因PBL教學在陽明大學已穩定實，教改小組任務完成，回歸醫學教育委員會運作

5. 民國92年起推行「榮台聯大合作研究計晝」：民國76年臺北榮總和清華大學開始進行合作研究，由兩機構各自提撥一定數額的研究經費作為補助研究計畫之用，是為「榮清計畫」。民國85年台北、台中、高雄三家榮總和陽明大學開始進行合作研究，稱為「榮陽計畫」。民國87年起合併稱為「榮清陽計劃」。自民國92年起，陽明、清華、交通及中央大學四校聯合組成「台灣聯合大學」，故交通大學及中央大學也加入榮清陽合作研究中，「榮清陽計劃」擴大為「榮台聯大計劃」。

6. 民國95年本院與台大醫院成立工作小組，商議各項教學、研究與診療之合作要點。於民國96年1月1日正式啟動合作研究，並於民國96年4月4日舉辦兩院合作計畫啟動記者會。

7.數位化圖書館：民國78年6月起推行圖書館自動化，自此圖書館之借、還書作業改由電腦化作業取代，提供讀者快速且正確的服務；民國87年1月國家醫藥衛生研究資訊網HINT正式啟用，委託本院圖書館負責規劃全國圖書館教育訓練計劃；民國88年5月榮陽數位化醫學辭典上網(DMD)，以白宏毅醫師所編撰之「白氏醫學辭典」為藍本，協助更多的學習者更快速地獲取最新的醫學詞彙及知識；民國93年8月銜輔導會之命整合各榮民體系之醫院圖書館成立「榮民醫院醫學資源數位化合作網」，並正式開始營運，協助提昇各榮院圖書館服務功能。

8.設立人體試驗委員會及強化組織功能
本院於民國77年成立人體試驗審議委員會，民國87年更名為人體試驗委員會。自民國87年度起，院方每年皆以專案計畫方式補助本會進行相關作業。民國89年10月頒佈臺北榮民總醫院臨床試驗計畫作業要點，於民國93年11月修正，經持續努力，至民國95年底，己訂定28項標準作業流程。民國95年11月榮獲亞太地區FERCAP認證通過，為國內第一家。民國98年5月，李建賢主任委員、林幸榮執行祕書及陳肇文、陳維熊、侯明志三位副執行祕書等加強人體試驗委員會的審查效能，由張秀蘭藥師等協助業務，加快審查流程，提昇本院臨床試驗的競爭力。民國100年12月人體研究法公布實施，為因應日漸增多的人體研究申請案件，由原一個人體試驗委員會擴增為三個人體試驗委員會(一)、(二)、(三)，由教研蘇東平、何善台副院長先後擔任主任委員，並延攬更多的醫療及非醫療專業委員進入人體試驗委員會。民國103年起，何善台副院長為三個人體試驗委員會的主任委員，在人體試驗委員會(一)，蘇東平教授為副主任委員、陳肇文教授為執行祕書、沈弘德教授為副執行祕書，在人體試驗委員會(二)，陳博明教授為副主任委員、侯明志教授為執行祕書、白雅美醫師為副執行祕書，而在人體試驗委員會(三)，林幸榮教授為副主任委員、錢大維主任為執行祕書、戚謹文教授為副執行祕書。

9.民國89年「榮陽千萬鹼基計畫」：由本院與陽明大學共同完成人類第四號4q23染色體千萬鹼基序列分析，為當年度學界盛事。民國90年至93年繼續共同執行靈芝功能基因體學研究計畫。台灣於民國71年至72年間研發建立新生兒篩檢的檢體採集作業、篩檢檢驗及確認診斷方法，隨後在73年1月以先期發展完成的新生兒篩檢作業為架構，展開全國性的新生兒篩檢服務。造福罕見疾病與代謝疾病的新生兒及其家庭，影響深遠，蕭廣仁研究員扮演關鍵的角色。

10.民國89年6月成立「研發成果管理中心」：有鑑於本院每年執行研究計畫六百餘件，臨床試驗計畫數目更占全國三分之一強，已累積豐碩的研發成果及創新技術，故與產官學界合作研發及進行技術移轉作業，是國內教學醫院推動產官學研合作之先驅。94年11月，中心更名為技術移轉組，成為任務編組單位之一，由李復興擔任組長，民國98年7月改由郭英調醫師接任組長。

11.民國91年，成立新藥臨床試驗中心，奉輔導會核可後，成為本部任務編組單位之一，由新陳代謝科郭清輝醫師擔任中心主任。民國98年7月，由內科部心臟科江晨恩教授接任中心主任，該中心於98年落成的醫學科技大樓3樓運作，並向衛生署申請成立國家級卓越臨床試驗及研究中心，積極推動phase I, II, III等臨床藥物試驗。

12.民國91年起，鼓勵幹細胞與組織工程相關研究：邱士華教授、洪士杰教授與李光申教授的研究成果除發表於國際著名期刊外，亦獲得多項專利，本院目前已成為國內研究幹細胞之重鎮。

13.吳肇卿教授有關D型肝炎系列的研究包括分子流行病學、病毒學與臨床研究導致D型肝炎的減少與病毒裝配及免疫病理機轉的突破，被文獻、社論及專書高度引用與國際肯定，這些研究被選為台北榮民總醫院五十年院慶重要成就之一。民國98年有關肝癌手術後早期與晚期復發的機轉研究，提供抗病毒藥物降低肝癌復發的理論基礎，並積極參與BC肝抗病毒藥物健保給付政策標準的制定而導致肝癌發生率、肝病死亡率與手術後復發率的降低，對學術與人類健康上做出影響深遠的具體貢獻。

14.民國92年2月建立「臨床技術訓練中心」：為本部任務編組單位之一，前任主任為陳祖裕副教授，民國98年4月由內科部心臟科陳肇文教授接任中心主任。拜科技發展之賜，許多醫學技能與臨床技巧已可透過模擬演練，待技術熟練後才實際施於病患身上，使病患免於被實驗的痛苦，並進而減少因操作的失誤而危及生命。本中心利用本院後山的倉庫改建，為台灣第一個臨床技術訓練單位，並提供小班教學場地。其模擬人訓練，氣道處置訓練，電腦多媒體訓練，均開風氣之先，成立後供各醫學教育場所參觀模仿，現已成為各教學醫院普遍的設施。本院臨床技術訓練中心目前為國家OSCE考場之一。

15.民國93年推行研究計劃線上申請及評審作業系統：由國科會將其研究計畫線上申請作業系統無償提供本院修改後使用。本院分三年增修部份功能，順利完成院內及榮台聯大專題研究計畫的線上申請及審查作業系統。除方便研究計畫之申請及評審作業外，也達到無紙化之目標。

16.民國95年起，李建賢副院長開始積極推動八大核心研究計畫，涵蓋幹細胞與組織工程研究；中草藥研究；腦科學研究；基因體醫學研究；老化醫學研究；微創與模擬手術研訓；免疫學研究；神經再生研發等，成果豐碩。其後，蘇東平、何善台教研副院長持續大力推動重大研究計畫，在民國101年全年臺北榮總同仁發表學術論文篇數突破1000。榮陽體系研究論文總數近3年為全國各醫療體系最多的，論文影響係數（Impact Factor）的平均值亦逐年增加，2013年達到最高的3.493，也是全國各大學院校及醫學中心最高的，研究成績輝煌。