一、疼痛

在美國所做有關RU486的報告顯示：有90％以上的婦女使用後會感到下腹絞痛（尤其是在服用前列腺素後），其中懷孕大於7週的婦女疼痛的程度比較嚴重，而大部份的婦女其疼痛程度只比經痛稍微嚴重一點罷了。

一般說來，因服用RU486及前列腺素所造成的疼痛，只要以口服止痛藥就可以控制住了；但若口服止痛藥未能達到止痛的療效，就應該檢查是否有不完全流產、子宮外孕或是子宮發炎的情況發生。

二、出血

這是一般婦女跟醫師比較關心的問題。截至目前為止，各地所做有關RU486的試驗中，對於出血的時間與量的數據報告相差都非常大，其中大規模的研究都顯示：小於1％的婦女會因為流血過多而需要輸血或是需要緊手術搔刮。因此一定要警告婦女在服用RU486後，如發生大量出血或者是有心跳加快、頭暈、神智不清等等情況，一定要儘快就診。

三、失敗或不完全流產

根據國內外所做的研究顯示，雖然RU486的成功率有八成到九成，然不可諱言的，總有一些病人會失敗。這些失敗的原因可能是因為病人的懷孕週數太大或是前列腺素的使用量不夠等等。子宮搔刮手術( D&C) 是一般的應變方式。

四、胃腸不適

大致上，會造成腸胃不適的主因是因為服用前列腺素而造成的，其中尤其以口服的方式較使用陰道塞劑所引起的副作用來得多。其症狀有：噁心、嘔吐、拉肚子，這些腸胃不適的症狀不需特別的處理，症狀會自然消失。

五、頭痛或是頭暈

一般所引起的頭痛或是頭暈都是輕微的，除非是由於因大量出血所造成，否則不需要特別處理。

六、子宮內膜發炎

雖然無論是採手術方式流產或是服用RU486，都有可能造成子宮內膜發炎的情況，然而因服用RU486所造成的子宮內膜發炎機率卻比手術方式流產低。萬一發生長時間的疼痛和發燒，就要懷疑是否有子宮內膜發炎的情況，而其治療方式是服用適當的抗生素。

七、子宮外孕

事實上這不是所謂的「併發症」，而是要留意的地方；在未確定是子宮內懷孕時，不能使用RU486。子宮外孕必須靠仔細的病史及婦產科醫師檢查才能避免。
以RU486（加上前列腺素使用）作內科方式流產一定要由婦產科醫師監控使用、追蹤整個治療過程、處理併發症或副作用，確定最後完全流產，這樣病人的安全和健康才有保障。

Ps:
U486本身並沒有很大的身體副作用，但是因為需要配合前列腺素的使用，因此潛藏有心臟血管疾患的人也不適合服用，抽煙太多的人，血管機能脆弱，血液疾病的人，也需要小心。畢竟一種新藥物的引進，能夠多小心一點是應該的。

範例：

一位10多歲少女在月經過後，第三天出現嘔吐 高燒 腹痛等症狀 她以為是急性腸胃炎 趕至醫院掛急診 經診斷她的陰道出血 根本不是月經 而是吃了RU486後，流產不完全，所造成之細菌感染 敗血症等急性症狀 經子宮括除術後 才挽回一命 。 
三軍總醫院急診室就碰過一例少女 以急性腹痛 發燒等症狀 在親友的陪同下求診 少女懷疑是經痛或吃壞肚子 可是醫師經驗孕後 發現已懷孕 8週 告知少女後 她非常驚訝的說 自己早已吃下6次之RU486 月經早就來過 為何肚子仍有小孩，少女激動地說，她前陣子發現月經沒有來潮後 經由藥房購買RU486 共計吃了6 次 過沒多久月經就來潮 她想胎兒大概已經打掉 可是這次的生理期特別不舒服 發燒 嘔吐 她才來看醫師 。