這是子宮內膜異位典型的症狀。一般於月經周期後半期開始，以腰痛為先，至月經來臨時達最高點，下腹疼痛難忍，甚至月經過後仍有疼痛現象。

引致痛經的原因：異位內膜組織受了性激素的影響而增生、腫脹、出血而刺激周圍組織，加上發炎的反應使異位組織製造大量前列腺素，產生痛楚。無論大小囊腫，在經期前或經期內因囊內壓力升高而容易破裂，釋出刺激性液體，引致劇烈腹痛。

2.性交痛：

　　性交可觸動子宮頸、陰道、子宮周圍尤其近直腸的病灶，引起陰道深處鈍痛或不適，經前特別明顯，患者常因此而厭惡或拒絕性交。

3.不孕：

　　有些患者唯一的症狀是不孕，子宮內膜異位症是造成女性不孕的重要原因之一。一般估計在不孕婦女中，約25~40%是患有此症的。導致不孕的原因眾多，例如(1)卵巢、輸卵管及子宮表面有黏連，便可阻礙排卵或使輪卵管無法抓到卵子。(2)異位的內膜組織釋放的前列腺素，會干擾排卵、卵子的成熟以及輸送。

　　由於子宮內膜在骨盆腔算是一種異物，平時會受到血中白血球的攻擊，白血球所釋出的生化產物，會影響致各種生理功能，如卵子的形成、排卵、卵子被輸卵管拾起、精蟲的運送、精卵結合的能力、胚胎的發育一直到著床等，均會產生干擾的效果。