對於超過四公分以上之巧克力囊腫，一般仍建議做囊腫摘除，效果會比僅是引流或是燒灼要來的好，且復發率較低。分離骨盆腔沾黏並且對肉眼可見的子宮內膜異位病灶作燒灼，對輕微內膜異位病患可提高受孕率，但是對於中度至重度內膜異位患者，懷孕率未必能明顯提高。輕度內膜異位患者，術後可以直接嘗試自然懷孕或是人工受孕，中度至重度內膜異位患者則建議先追加促性腺激素釋放素（GnRH agonist）治療後再做試管嬰兒，有助於提高懷孕率。