常見的甲狀腺手術原因是腫瘤懷疑為惡性。但是雖為良性腫瘤，但甲狀腺腫瘤若已壓迫氣管或食道造成病患有呼吸不順、吞嚥困難的症狀，以及甲狀腺功能亢進有時也需手術來治療。

甲狀腺超音波與細針學穿刺檢查有以下結果時，會建議手術：

1. 診斷為甲狀腺乳突癌

2. 有惡性腫瘤的可能性

3. 穿刺細胞有非典型細胞或無法從細針穿刺判斷的腫瘤(如濾泡性腫瘤)

臨床醫師會根據病患的檢查結果與腫瘤表現來做手術的判斷。