臺北榮總於民國47年成立，在民國52年至60年之間斷斷續續由楊樹滋醫師負責小兒外科的業務，直到民國67年8月才由魏拙夫醫師正式創科為科主任。並陸續培養小兒外科專科醫師，陳厚全醫師〈後任職臺中榮總〉、賴俊廷醫師、葉佐仁醫師、錢大維醫師、劉君恕醫師等。

民國92年魏拙夫醫師正式升任外科部主任，由錢大維醫師接任科主任，並培養蔡昕霖醫師、謝明諭醫師〈現任中山醫學大學附設醫院小兒外科主任〉、李日騰醫師、陳正彥醫師〈現任北榮移植外科主治醫師〉、王正斌醫師〈現任高榮一般外科兼小兒外科主治醫師〉、王國強醫師。劉君恕醫師於民國104年5月接任科主任，錢大維主任榮退到彰化基督教兒童醫院任副院長。民國109年7月16日本院移植外科龍藉泉主任榮退，由本科劉君恕主任調至移植外科擔任該科主任，本科蔡昕霖醫師接任兒童外科科主任。

目前北榮兒童外科除了執行傳統小兒外科的手術外，另外更大力拓展北榮的肝臟移植手術及兒童氣管手術，未來更要推展各式腹腔鏡及胸腔鏡手術，小腸移植等手術，以及學術研究的風氣。