為配合行政院衛生署籌辦「建立全國醫療資訊網（Health Information Network, HIN）計畫」，民國79年元月「醫療資訊標準化協調會」第一次會議決議：由衛生署藥政處負責辦理衛生署核准藥品之標準碼編訂作業。嗣後邀集學者專家與相關醫療及保險單位，研討標準碼模式、編碼原則及推薦審查委員，衛生署並於八十一年起開始編列「藥品標準碼之編訂計畫」及「藥品標準碼之後續編訂計畫」，以完成全國藥品編碼之重要任務。

       本院藥學部自81年起就參與此計畫，為配合政策執行之主要編碼醫院，而編碼結果再由十多位醫藥專家學者進行審查。81年計畫，本部依據美國系統藥理治療分類碼 (AHFS) 6碼編碼原則，完成31,321筆藥品之編碼及校對，自82-93年，本部持續承接此計畫，每年皆完成近千筆新增品項之編碼，且完成當年度領有藥字許可証之近4萬筆品項之校對。

       隨著醫藥進步，不同藥理及臨床應用的藥品不斷發展出來，原編碼原則已無法應付目前醫療保險各單位作藥品之管理，使用分析及評估，故衛生署自民國95年起修正編碼方式，除將原AHFS 6碼更細分為8碼外，另新編歐洲及世界衛生組織的解剖治療化學分類 (ATC) 5層7碼，以確保衛生署藥政處藥品標準碼系統內資料之更新及完整，符合醫療單位及藥品分析評估之需求。

       本部95年繼續執行此編碼計畫，因應藥品編碼由原本的一套系統擴充為兩套，且原AHFS編碼系統由6碼細分為8碼，亦需重新編列，故編碼人員自原本的2-3人增加為6人，完成3,300項藥品之兩項系統之編碼。96年由7名藥師完成4,595項藥品之編碼。97年因編碼原則已逐漸確立，故擴大編列全國22,264筆藥品之兩套藥碼，本部共啟動14名臨床藥師，完成此浩大工程。

       本部歷時16年，共花費約20人次的藥師人力進行編碼，複請國內多名專家學者進行開會審查，協助主管單位建立了全國藥品AHFS及ATC兩套編碼，為全國藥品方面之業務及學術研究奠定了良好的基礎。