早期甲狀腺手術常有併發症發生。隨著醫療的進步，現在的手術併發症雖不常見，但卻可能會帶給病人生命的風險與影響日後的生活品質，甲狀腺手術可能的風險包括：

1 手術中與術後出血可能導致急性的呼吸窘迫。

2. 術後傷口的感染。

3. 返喉神經的損傷可能帶來病患的聲音嘶啞，若影響甚兩側神經可能發生急性呼吸窘迫。

4. 副甲狀腺的功能受到影響: 可能造成暫時或永久性的低鈣血症。

5. 食道與氣管鄰近甲狀腺，雖屬少見，但甲狀腺手術也可能會影響到附近的器官。

這些併發症在甲狀腺腫瘤較大，惡性侵襲性較嚴重與接受第二次手術的患者中，發生率將會升高不少。接受手術前，病患應多了解手術的原因，以及手術帶來的好處與潛在併發症風險。