醫學研究部下設 4科一組：基礎研究科  轉譯研究科  臨床研究科  臨床試驗科  技術移轉組

                        4任務編組：精準醫學研發中心  卓越癌症研究中心  大數據中心  細胞治療創新研發中心

本院為國家級醫學中心，具有臨床服務、教學及研究三大任務，教學研究部含括了其中教學及研究兩大任務，業務十分重要。但在建院之初，教學及研究是分屬於兩個部門的，到民國83年才合併成一個單位。民國102年11月，教學研究部配合政府組織改造，改組為教學部及醫學研究部等兩部。

醫學研究部的行政體系，部下設4個科一組，分別為基礎研究科、轉譯研究科、臨床研究科、臨床試驗科以及技轉組；另有4個任務編組單位，分別為並設置多個委員會。本部研究室分別專精於動脈硬化與冠狀動脈疾病、消化轉譯、腸胃腫瘤、基因譜序、基因奈米醫學、分子遺傳、癌症轉譯、顯微鏡服務、分子病毒、神經藥理、神經血管、核磁共振、精神疾病腦造影、幹細胞、惡性肉瘤、血管生物學暨血管醫學、頭頸部腫瘤、腫瘤分子調控、聽覺生理與基因醫學、感染症分子、系統生物醫學、醣生物學等專門領域。每一研究室均由1位醫師、具教授資格的研究員或具副教授以上資格的副研究員主持，大部份專任或兼任國立陽明大學教職，指導研究生的論文研究。

本部擁有完善的研究設備及細胞庫、臨床共同實驗室、公用儀器室、動物房等；民國94年起，陸續進用專人負責大型精密儀器設備的管理。近年更推動研發成果及技術轉移工作，擴展研發領域，成效卓著。民國98年醫學科技大樓完工，設置BSL-2、3生物安全等級實驗室、GLP優良臨床試驗規範臨床研究病房、GTP等級細胞治療核心實驗室，得以提升本院生物醫學研究水準，並有助於推動前期藥物臨床試驗及細胞治療與再生醫學等尖端醫學之臨床應用。

在歷任部主任及研究同仁共同努力下，本部陸續成立「生物醫學統計小組」、「整合性腦功能研究小組」、「榮台聯大計劃」、「研發成果管理中心(目前已改為技術移轉組)」、「新藥臨床試驗中心(目前已改為臨床試驗科」，設立人體試驗委員會及強化組織功能，產官學界合作研發及進行技術移轉作業，推動幹細胞與組織工程相關研究，推行研究計劃線上申請及評審作業系統等。

歷年來本部在各特定研究領域有傑出成果表現，如：在榮陽團隊合作下，先後創下「人類第四號染色體千萬鹼基」定序、靈芝基因序列解碼的紀錄，使我國的基因研究大放異彩。其他如動脈硬化研究與心血管支架的改良、幹細胞的研究及應用、D型肝炎系列的研究包括分子流行病學、基礎與臨床研究導致D型肝炎的減少與病毒裝配及免疫病理機轉的突破、B .C肝抗病毒藥物健保給付政策的參與而導致肝癌發生率與術後復發率的降低，與功能性腦磁振研究等，均被文獻及專書高度引用，並在學術與國人健康上做出影響深遠的具體貢獻。近5年來，本部同仁在「科學文獻引用索引」（SCI）中發表論文共計800多餘篇，平均每篇發表論文的影響係數（IF, Impact Factor）值均達6.39以上，成績輝煌。目前，強化本部與院內外各部門合作研究，以落實轉譯醫學研究成果，並協助本院臨床部科提升研究能量，以解決臨床醫療問題，為本部持續努力之主要目標。