「性別重置手術」
跨性別者 (transgender) 是一個相當廣泛的族群，「跨越或超出了社會所定義的性別分類，而跨性別者的性別認同與性別表現，與他們出生時被認定的性別不一致」（Bockting, 1999）。許多跨性別者，從小就感受到了自己的性別表現與原生性別不太一樣，其中一部份人進一步符合醫學中的「性別不安」（gender dysphoria）或「性別不一致」（gender incongruence）診斷。性別不安者可能會經由賀爾蒙替代療法、整形手術、性別重置手術（俗稱變性手術）、或各種心理健康服務來減輕其不安。並經由變更身分證性別的方式，以取得與自我性別認同一致的法律身分。
「跨性別」不是一種疾病，「性別不安」或「性別不一致」也不是一種疾病。
目前欲更換身分證性別者以 2008 年 11 月 3 日內授中戶字第 0970066240 號令規定戶政機關受理性別變更登記之認定要件：
申請女變男之變性者，須持經二位精神科專科醫師評估鑑定之診斷書及合格醫療機構開具已摘除女性性器官，包括乳房、子宮、卵巢之手術完成診斷書。
申請男變女之變性者，須持經二位精神科專科醫師評估鑑定之診斷書及合格醫療機構開具已摘除男性性器官，包括陰莖及睪丸之手術完成診斷書。
這項「行政命令」揭示了兩項性別變更要件：一是精神科專科醫師診斷書，二是須完成變性手術中的「摘除原有性器官」階段。
「性別矯正手術」
性發展障礙症候群（昔稱陰陽人）是由不同先天疾病因素造成，可能同時有男女生殖器官，或是男女性徵不明顯，例如有完整女性生殖器官，但陰蒂肥大，或是有男性生殖器官，但陰莖短小、無法站立小便。
陰陽人生理上的性徵差異表現在性腺、性染色體與生殖器，每一項都有多樣的表現。常見的陰陽人醫學分類有腎上腺素增生症（CAH）、雄性激素不敏症（AIS）、 尿道下裂症、克林伊斯菲特症（47XXY）與透納氏症（45XO）。性染色體方面，一般人男性的染色體為 46XY，女性為 46XX，除此之外性染色體還在結構與數量有多種變化，如 47XXY，45XO，48XXXY 等。 在生殖器方面，有些人出生時外生殖器即不易辨識性別而被認定為陰陽人，有些人要到成長後才產生變化，如發現沒有月經甚至婚後不孕時，才檢查出來。 雖然陰陽人身體有些不同，但大多數是健康的。
根據107年衛福部公告之「未成年雙性人之醫療矯正手術共同性建議原則」，未滿12歲者除非有癌化及生理機能障礙，否則不宜手術；12歲至未滿18歲者，若有性別適應困難，應經專業評估才可以執行手術，否則性發展障礙症候群患者都應在18歲以後，由患者自己決定再執行手術。
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