本院急診室於民國78年（1989年）正式升格為急診部，為一級單位，引進歐美先進國家的急診醫療體系，建立檢傷分級制度與各種急診品質指標，以提升本院急救效能及急性傷病患處置之醫療品質。

急診部作業包括急診醫學科、外傷醫學科及災難醫學科。民國84年（1995年）成立國內首創「急診加護中心」，以完整醫療團隊及靈活運作、精良設備與優良的品管指標，全方位貫徹先急救、後加護、再分科的優質醫療診治模式。民國86年（1997年）急診醫學專科獲衛生署正式認定為主專科。經由急診品質管理委員會及多重外傷委員會的定期檢討，不斷精進本院急診醫療品質之改善與提升。

重大災難醫療應變方面，民國88年（1999年）921大地震，本院率先參與救難行列、災後醫療照顧及重建工作。民國92年（2003年）SARS衝擊世界，收治了全國最多的SARS確診與疑似病患，在各大醫院紛紛關閉急診室的情況下，持續提供完善的醫療服務。民國104年（2015年）八仙塵爆案件啟動大量傷患應變措施，在最短時間內動員人力超過兩百人醫療人員，總收治傷患43人，入住加護病房共17人次，展現臺北榮總急診部處理突發重大案件的能力。民國109年（2020年）新冠肺炎疫情社區蔓延，本部肩負篩檢、隔離、診治及收治分艙分流、支援院外大規模採檢任務，守住醫院防疫最前線。

目前本院每年診治急診病患達8萬5千人次，平均每日約230人次，是全國首屈一指的急性醫療照顧中心，於全國醫院評鑑屢獲最高榮譽。其中處理急重難症患者，如急性腦中風、急性心肌梗塞、嚴重外傷、急性主動脈剝離等，以及接受其他醫學中心的轉診，各項指標皆為全國頂尖。

本部於民國75年（1986年）率先全國，於國立陽明大學醫學院醫學系開設急診醫學課程；民國92年（2003年）於陽明大學醫學院成立急重症醫學研究所；每年約有40篇相關研究發表，八成以上皆為SCI論文，主治醫師及住院醫師在國際期刊上皆有亮眼的表現，另執行國科會及衛生福利部多項研究計畫，堪稱國內外急診學術發展、人才培育與研究領域的重鎮。本部多年來孕育出許多優秀的急診醫師，不僅學術成績亮眼，完成訓練後的醫師也分別任職於各大醫學中心、區域醫院及地區醫院，擔任主管職務，展現本部在急診醫學教育開枝散葉之成果。

急診部硬體於102年（2013年）大幅整建完成，未來將持續擴編人力，輔以優良器材、設備、以及資通訊智慧醫療，讓專業人員、醫療設備、動線流程，以病人為中心展開，以「安全、快速、高效、優質處理」核心概念，持續更新升級，得以兼顧急診醫療的質與量，符合社會進展所衍生的醫療需求。