本院內視鏡中心採國際尖端內視鏡懸臂系統執行臨床診斷與治療，除提供一般性內視鏡檢查，目前發展至內視鏡手術治療的階段，亦即對部分傳統手術治療的疾病，透過內視鏡進行診治並切除病灶，術後無體外傷口且快速復原，達到與手術切除相同效果，降低侵入性治療的風險程度。服務項目包括內視鏡擴張術、內視鏡胃造廔、內視鏡支架置放、內視鏡光動力放射治療、息肉切除、EMR (內視鏡粘膜切除術)、EUS(內視鏡超音波)、 ESD(內視鏡粘膜下剝離術)等進階內視鏡治療。

胃食道靜脈曲張是肝硬化的主要併發症，一旦出血將有高達15-20%之死亡率。對於胃食道靜脈曲張之出血預防及內視鏡治療(如胃食道靜脈曲張結紮術、硬化術等)，本院為國內首屈一指之選擇，同時在國際上發表許多重要文獻，並參與多項國際治療指引標準之訂定。

此外，本院亦為國內消化道早期癌內視鏡診斷及治療之重要中心。我們擁有與日本同步之最新進診斷(包含最新型之內視鏡主機及放大內視鏡等)及治療設備(包含最新型之內視鏡手術電刀、電燒機等)。主要應用於早期食道癌、胃癌及大腸癌之治療，使用內視鏡之方式切除病症，術後無任何體外傷口且復元快速，目前中長期之術後追蹤可達到與手術切除相當之效果。