功能性神經外科的領域主要在運動障礙、深部腦刺激、頑性癲癇外科治療、疼痛治療、立體定位加馬刀放射手術、及術中神經功能監測，研究重點為神經科學及臨床應用，特別是在巴金森氏症、癲癇手術、良性腦瘤、轉移性腦瘤、動靜脈畸型、及三叉神經痛等等。

    台北榮總功能性神經外科由潘宏基教授建立，潘教授於臺北榮民總醫院完成神經外科專科醫師訓練，於民國七十至七十一年至瑞典Karolinska醫院專攻腦部立體定位手術，學成歸國後於七十三年起設立體定位手術，造福國內病患。早期以傳統定位方法治療原發性顫抖，成效頗著，首開台灣的腦部功能性手術。民國八十二年台北榮總引進國內首部加馬機放射手術治療儀器，潘主任和鍾文裕主任於1993年成立加馬刀治療中心，是台灣第一台加馬機，也是東南亞第一台放射手術治療儀。台北榮總加馬機治療各類腦病灶的成果，深受國內及國際醫界之肯定，不但是治療經驗最多，也在這25年期間，累積了超過8000例的病例數、超過150篇關於加馬刀放射手術的研究論文、及多篇教科書章節。在這8000例中，動靜脈畸形及動靜脈廔管佔20%，血管瘤占5%，良性腦瘤占42%，惡性腦瘤占27%，此外三叉神經痛的病患有6%，這些病人治療後並未引起嚴重之併發症，多可回復到日常生活。多年的加馬刀放射手術治療，確實為深部腦疾病患提供一個安全有效的治療方式。本院也將精益求精，以長年累積的經驗為更多的病患提供服務。

    九零年代起，除了血管及顱底顯微手術發展外，立體定位微創手術也逐漸抬頭，其中之一的立體定位晶片植入手術也在其中。劉康渡醫師於2002年赴美舊金山加州大學，師承 Philip Starr，學習深部腦電極微電極紀錄和深部腦電極置放術，帶回新的治療巴金氏疾病和震顫等方法。劉康渡大夫於2004完成第一例巴金氏症的深部腦電極置放治療，至2019年已成功植入約200位巴金森氏症病患。後續更針對dystonia, essential tremor, drug-resistant epilepsy進行深部腦刺激術，也對於慢性神經性疼痛病人，進行spinal cord stimulation等電生理刺激療法。另外，針對肌肉嚴重陣攣的腦性麻痺或脊椎損傷的病人，劉康渡大夫是第一位國內引進脊椎藥物幫浦植入手術，改善了病人生活品質。

    之後2009年楊懷哲大夫至美國Pittsburg大學、2013年李政家大夫至美國Virginia大學進修，接續之前的加馬刀治療、立體定位手術、疼痛控制、及聚焦超音波的治療及研究，除了有許多基礎研究、臨床研究、國際多中心研究外，與北美及日本多中心的相關研究成果超過40篇。近20年的努力，台北榮總功能性神經外科的團隊有許多長期的影像學資料、多專科的團隊、及不同腦部疾病的病人族群，和神經放射科的合作之下，更是進一步發展人工智能，協助腦轉移瘤之快速診斷、預測聽神經瘤之疾病走向、及動靜脈畸型之併發症分群。功能性神經外科團隊未來將結合基礎研究、與陽明大學、交通大學在腦部影像包括DTI、DSI、及brain connectivity的電生理資訊，大力應用在臨床工作上。我們期望更能精進臨床的技巧、提昇腦部影像在空間、及時間的解析度。也配合在國際會議中、及頂尖神經科學期刊的發表，建立一個全台灣、全亞洲、甚至全世界的一流研究中心。