手術治療方式可將病灶完全而徹底的切除可使復發的機會大大的降低，80%的疼痛患者可達五年以上的緩解，懷孕率達67% 以上。手術若安排在經期中，有利深層病灶侵犯範圍的確定，增進治療效果。手術治療的優點：可以運用不同的方式切除範圍廣大的病變處，確定診斷和疾病侵犯的程度。對於成年且具有廣泛病灶的病人不失為一個較好的方法，也是唯一可去除沾黏的方法。對於很嚴重子宮內膜異位症合併侵犯大腸或直腸之患者，有時必須切除局部大腸或直腸才能解除其病痛。

由於腹腔鏡手術的進步，國外有醫師以腹腔鏡施行局部大腸或直腸切除。

其研究報告發表於最近一期美國婦產醫學會期刊。總共有四十位婦女經核磁共振影像檢查，結果發現子宮內膜異位症合併侵犯大腸或直腸，然後接受腹腔鏡局部大腸或直腸切除。共三十六位(90%)成功施行腹腔鏡手術，另外 4位 (10%) 因沾粘太嚴重改為傳統手術。術後嚴重併發症有4位 (10%), 包括 3位直腸陰道?管, 1位骨盆腔膿腫, 術後暫時性排尿困難共7位 (17.5%), 術後追蹤時間平均 15個月, 術後非月經期間之疼痛、經痛、性交疼痛、排便疼痛都有顯著改善。

由此可知, 以腹腔鏡局部大腸或直腸切除術治療嚴重子宮內膜異位症合併侵犯大腸或直腸之患者是可行的,只是併發症發生率稍高。此外, 局部大腸或直腸切除可改善婦產科及腸道症狀, 並?輕疼痛。