外科部下設有8個科別及乳房醫學中心：

一般外科  大腸直腸外科 兒童外科  重建整形外科 移植外科  胸腔外科  心臟血管外科 實驗外科 乳房醫學中心

外科部成立於在本院創建之初，多年來於臨床醫學技術上不斷創新突破，民國49年(1960年)即完成首例開心手術，80年(1991年)完成國內首例新生兒大血管轉位手術，民國88年(1999年)完成國內首例腹主動脈瘤支架血管置放手術，民國95年再完成國內首創胸主動脈支架血管置放手術，96年(2007年)完成亞洲年紀最小之小兒人工心臟植入手術，民國99年(2010年)完成國內首例經心導管主動脈瓣膜植入手術，民國99年(2010年)完成國內首例髂股動脈瘤分歧支架微創手術，100年(2011年)完成國內首例腹主動脈瘤開窗支架微創手術；近年來以Nuss手術式矯正漏斗胸畸型，而肝切除手術期死亡率已達到零。民國 105 年 9 月更進一步成立「乳房醫學中心」，將各個專科的門診及乳癌的影像檢查統合在一個區域。「乳房醫學中心」已於民國111年10月15日正式成為外科部的二級單位編制，名稱改為「乳房外科」。

乳癌治療團隊除了有高科技的診斷儀器，並以完備成熟的實驗室設施及技術，判讀多樣化的腫瘤生物標記，從而提供精準的個人化治療，並有許多同步全球的大型臨床試驗可供選擇，讓病患有機會獲得最先進的藥物治療。此外本部一般外科致力研究以淋巴腺廓清手術治療胃癌，大幅提高整體胃癌病患之存活率，並且受到國際醫學界高度重視，為胃癌手術教科書寫下新頁。

無痛大腸鏡檢查為本院首創，結直腸癌術中無觸腫瘤切除術(no touch technique)及直腸旁組織全切除早已是本院標準作法。近年發展之經大腸鏡粘膜下腫瘤切除術更讓許多良性或早期惡性腸腫瘤得以經由內視鏡切除。對於攝護腺與尿道疾病，民國72年(1983年)研究發明並獲得國際專利的「經尿道攝護腺切除手術電刀微電腦控制系統」，民國73年(1984年)率先完成國內第一例「寇克氏囊(Kock pouch)尿路引流手術」，民國74年(1985年)首先引進體外震波碎石機治療上尿路結石，民國76年(1987年)完成首例「完全去管狀乙狀結腸重建新膀胱手術」，民國81年(1992年)完成首例「腹腔鏡腎臟切除手術」。在女性泌尿及尿路動力學方面，本院率先於國內設置尿路動力學檢查室，率先於國內完成第一例膀胱懸吊手術(Raz bladder neck suspension)及經皮吊帶術(Percutaneous prolene mesh sling surgery) 治療女性應力性尿失禁。

民國77年(1988年)完成首例變性手術；已成功培養「人體表皮皮膚」，民國91年(2002年)首先於公立醫院中成立醫學美容中心。

民國76年(1987年) 完成國內首例合法心臟移植手術；民國80年(1991年) 完成亞洲首例肺臟移植手術；民國92年(2003年) 完成第一例胰腎同步移植，民國93年(2004年) 完成第一例活體肝臟移植；民國96年(2007年) 成為國內第一家通過人體試驗計劃可進行胰臟移植的醫學中心。由於器官移植業務發展的需要，於民國95年(2006年)設立移植外科，於民國96年(2007年)完成國內首例連鎖換肝手術。目前腎、肝、肺、心臟及胰臟移植病例數均持續增加中。而胰臟移植病例數及存活率為國內外首屈一指之醫院。

對於各種癌症，例如胃、肝、胰、膽、乳房、甲狀腺、大腸直腸、食道、肺及頭頸等癌症，本院更分別組成”多專科診治團隊”，使病人不必多方奔波，更提升了更種癌症的存活率及照護品質。

在基礎醫學與臨床醫學研究方面，本部近五年來獲得國科會、國衛院等單位補助經費研究計畫總計200餘項，發表於國際論文(SCI)期刊合計600多篇，學術成就傑出。

外科部未來仍將以服務病人並提供優質的醫療品質為第一優先，臨床手術上繼續引進新手術技術及儀器，與國際間積極建立醫療合作。醫師進修、培訓與臨床教學仍列為重點工作，並鼓勵同仁投入臨床及基礎醫學之研究。