一般外科
專業服務、品質保證
本科自榮民總醫院創院以來，已逾三十餘年，服務病人不計其數其中不管是在醫療水準及績效方面均有長足的進步，目前本科在石宜銘主任的領導下，特別重視醫療品質、技術的提升。學術及醫術都執國內外科學界之牛耳。
本科目前有主治醫師十三位，特約醫師二位，每位主治醫師各有其 專長，無論是在膽道疾病之腹腔鏡手術，或是肝膽、腸胃及甲狀腺、乳房等疾病之治療都有其獨道之處。在醫療人員方面，有學有專精之麻醉醫師及護理師。在醫療器材方面：本科有專屬六間手術室、超音波、膽道鏡、腹腔鏡、透鏡 X光機及最近引進之高功能腹腔超音波等以上之人員及設備在國內醫療界都足以提供您最完善之醫療服務。
愛心、耐心
本科各主治醫師，除了各自擁有不同領域之專科技術外，每位主治醫師更是秉持愛心及耐心為每位患者服務，而醫師的愛心及耐心已成為本科最大特色。本科全體同仁將不斷的充實自我，為成立以數十年的榮總走出更廣的路。
大腸直腸外科
本科成立已45年，為國內最早設立之大腸直腸外科專科。在歷任老師杜聖楷，王豐明，徐弘主任極力經營之下，奠定了雄厚的基礎。目前平均每年手術約2000例，其中大腸直腸腫瘤約560例，肛門疾病約900例，大腸鏡檢約 8000人次，數量及品質在國內外均居領先地位。
本科特色
策略面
1.明確的主治醫師責任制：
病人一旦曾為某主治醫師手術，其日後之照顧，併發症，後續治療追蹤，均由該主治醫師負責。責任明確，不會讓病患發生問題卻不知找哪位醫師解決。
2.團隊醫療：
主治醫師，住院醫師，專科護理師構成一個團隊，分工合作。各主治醫師間亦互相支援，構成完整的獨立又合作的數個團隊。
3.科際合作：
對於腸癌病人，定期與腫瘤科，病理科，放科診斷及放射治療科醫師定期討論，研擬並檢討最佳治療方式。
4.訂有各種疾病治療準則，按準則行事，定期開會監測。由主任，相關科醫師，及不同主治醫師參與意見，品質管制。特殊及複雜病歷深入討論，雙思廣益。
5.完整的資料庫：
每位病人就診資料，治療結果，追蹤狀況均有電腦資料庫保存，定期統計分析治療成果，並作為改進之參考。
6.完整的腸癌組織庫，基礎研究材料豐富。
7.每天均有上午、下午二段門診。另有機動性非常態門診。假日均有主治醫師值班，星期例假日仍到院診視病人，病人來院一定有醫師可診療。
技術面
1.結腸癌手術採no-touch technique：師承美國大腸直腸外科大師Turnbull，手術中不接觸癌瘤，先將支配癌瘤的所有血管結紮截斷，以避免癌細胞因手術中觸摸翻攪而散佈。
2.中低位直腸癌採英國直腸癌大師Heald之方法，作Total mesorectal excision全直腸繫膜切除，徹底清除直腸癌瘤淋巴腺。
3.直腸肛門吻合術：直腸癌病人85%以上可保留肛門。
4.結腸造袋－肛門吻合術：利用結腸造袋，作成人工直腸，以改善術後頻便，急便問題。
5.中低位直腸癌術前作放射化療，以提高存活率，降低復發率。
6.對早期低位直腸癌可採局部切除，以保留肛門。本院運用各種技術可達此目的（經肛門，經薦骨，經肛門顯微手術）。
7.腹腔鏡結直腸手術。
8.迴腸造袋－肛門吻合術。
9.絕大部分肛門手術（痔，廔，肛裂，肛門狹窄整型，肛門陰道廔管，肛門括約肌修補...）可在局部麻藥注射下實施，減少手術風險。
10.完整的直腸肛門生理檢查系統，對便祕、肛門失禁、骨盆腔下墜症之病人作完整評估及治療。
兒童外科
臺北榮總於民國47年成立，在民國52年至60年之間斷斷續續由楊樹滋醫師負責小兒外科的業務，直到民國67年8月才由魏拙夫醫師正式創科為科主任。並陸續培養小兒外科專科醫師，陳厚全醫師〈後任職臺中榮總〉、賴俊廷醫師、葉佐仁醫師、錢大維醫師、劉君恕醫師等。
民國92年魏拙夫醫師正式升任外科部主任，由錢大維醫師接任科主任，並培養蔡昕霖醫師、謝明諭醫師〈現任中山醫學大學附設醫院小兒外科主任〉、李日騰醫師、陳正彥醫師〈現任北榮移植外科主治醫師〉、王正斌醫師〈現任高榮一般外科兼小兒外科主治醫師〉、王國強醫師。劉君恕醫師於民國104年5月接任科主任，錢大維主任榮退到彰化基督教兒童醫院任副院長。
目前北榮兒童外科除了執行傳統小兒外科的手術外，另外更大力拓展北榮的肝臟移植手術及兒童氣管手術，未來更要推展各式腹腔鏡及胸腔鏡手術，小腸移植等手術，以及學術研究的風氣。
重建整形外科
臺北榮民總醫院整形外科過去50年來，在全體同仁共同努力下，提供卓越的醫療服務及創新的醫療技術，在學術專業領域和病患治療各方面，深獲各界肯定。
本科治療涵蓋之範圍，包括顯微重建手術、顱顏整復、先天畸形矯正、頭頸部及乳房腫瘤術後修補、燒傷重症患者之救治、乃至於各類美容外科手術。
本科教學活動每週皆有例行的臨床個案與手術技術討論會、病房教學迴診以及專業期刊研討會，藉以鍛練學員的專業知識，推理能力與表達技巧，使其在臨床、教學及研究三方面皆有紮實的良好基礎，以成為優秀整形外科專業醫師。
本科醫療團隊包括醫師、相關護理人員、手術室和醫技人員，秉持愛心，耐心，同理心為每位患者服務，為本科最大特色。
移植外科
81年01月 成立腦死判定小組
83年04月 成立器官移植小組
88年11月 正式編制器官移植協調員
89年03月 正式開辦器官移植門診
89年12月 成立器官移植小組管理委員會
95年01月 成立移植外科(功能編組)
100年10月 成立移植外科專科病房
103年01月 移植外科正式成立
胸腔外科
臺北榮總胸腔外科為全台第一個設置專門胸腔外科之醫院，自民國48年臺北榮民總醫院成立之初，胸腔外科即已具規模。在第一任主任盧光舜副院長的領導下，奠立穩固的基礎，之後歷經王丕延主任、乾光宇主任、黃敏雄主任及許文虎主任辛苦經營，民國101年9月由吳玉琮主任接任，臺北榮總胸腔外科正邁向另一里程碑。
本科治療涵蓋之範圍頗廣，包括肺、食道、氣管、縱膈、橫膈、胸壁以及胃賁門癌等。其間因牽涉到心肺生理，對生命之影響至鉅。一直以來，本科無時不以培育優秀胸腔外科人才、精進手術技能、戮力學術研究、和服務嘉惠病眾自許。並求趕上醫學先進、充實儀器設備，不遺餘力。
本科目前編制為科主任一人，專科醫師六名，技術員兩名，臨床護理師三名，住院醫師及實習醫師輪調若干人。擁有內視鏡檢查室、食道功能室及圖書室設備俱全。另有兩間手術室、多個病房及專屬胸腔外科加護病房。 現今在吳主任的帶領下，科務蓬勃發展，不論是研究論文、創新技術、進修發表和治療病患各方面，成就有目共睹，所以為誌。
心臟血管外科
本科醫療業務包括所有心臟血管疾病的門診、急診、住院及會診。診治疾病包括有各項瓣膜性心臟病、冠狀動脈缺血性心臟病、先天性心臟病、末期心臟衰竭、各部位的大血管疾病(如動脈瘤等)、各類周邊靜脈血管疾病及為腎臟衰竭病患進行動靜脈廔管手術，以利血液透析。
實驗外科
實驗外科有手術、醫學工程、電機、電子、電腦、機械、手術器械設計、生化、病理切片、顯微操作、細胞培養、生物統計等方面的研究、技術人員和設備，以協助和共同開發醫學相關的研究為志職。
乳房外科(前身為乳房醫學中心)
在台灣近幾年來乳癌已躍居台灣女性癌症的第一位，每年新增患者超過一萬人，成為公共衛生的重要課題。行政院衛生署國民健康局自民國93年就呼籲婦女朋友們除每月自我檢查乳房以關心自己乳房健康外，45-69 歲婦女應每 2 年接受一次乳房 X 光攝影檢查，35-44 歲的年輕婦女，建議每年應接受專科醫師檢查，早期發現早期治療乳癌。
乳癌早期篩檢是為了達到早期治療的效果。但等待檢查結果往往曠日費時，對懷疑罹患乳癌的婦女而言，期間常充滿恐懼、焦慮和壓力。為此，臺北榮民總醫院建構乳癌服務單一窗口，以病人為中心提供快速、便捷、人性化的就醫服務。串聯跨領域專家服務，推動「乳癌無縫服務」，建構從就診、檢查、診斷、治療到追蹤全程無縫的照護服務網，提供國內婦女最好的診療服務與照護。
民國 105 年 9 月臺北榮民總醫院更進一步成立「乳房醫學中心」，將各個專科的門診及乳癌的影像檢查統合在一個區域。乳癌病友所需要的資源，如腫瘤內外科、重建、影像診斷、復健、中醫、營養及藥物諮詢等，全部都集中在乳房醫學中心。病人不需要在醫院各處的門診及檢查室中奔走。一站到底整合式提供病人全方位的診療服務，達成以病人為中心的服務宗旨。
民國 111 年10 月15日「乳房醫學中心」從任務編組改為正式編制，成為外科部下的「乳房外科」。
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