兒童外科服務的對象為出生到18歲需要手術的病患，手術的範圍包括頭、胸、腹及四肢軟組織病灶，所涵蓋的器官包含呼吸道、胸腔、腹部、泌尿道系統等器官，另外新生兒多樣的先天性畸形治療，亦屬於兒童外科服務的項目。
兒童外科常見診療疾病如下：
1. 泌尿生殖系統手術
尿路逆流、水腎、輸尿管狹窄、神經性膀胱、尿道下裂、隱藏性陰莖泄、殖腔異常、卵巢腫瘤、外陰粘連
2. 新生兒先天異常疾病
3. 一般兒童外科手術
如腹股溝疝氣、陰囊水腫、隱睪、包皮問題、頸部鰓裂遺跡、斜頸、皮下腫瘤、血管瘤、淋巴管瘤、臍肉芽腫、舌繫帶過短
4. 小兒胸腔手術
如食道閉鎖、食道氣管廔管、氣管狹窄、胸壁畸形、胸腔鏡手術、氣胸、橫膈疝氣、肺膿瘍、肺腫瘤
5. 腹部手術
腹壁缺陷、胃食道逆流、膽道閉鎖、總膽管囊腫、消化道閉鎖、小腸疾病、巨大結腸、腫瘤、腹部疾病、腹腔鏡手術
6. 肛門疾病手術
無肛症、肛裂、肛門膿瘍及廔管
7. 肝臟移植手術
8. 腎臟移植手術
9. 小腸移植手術
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