人類的腸道系統內共生著多達一百兆隻細菌，其細胞總數是人體細胞數的十倍，而其所帶的基因則超過人類基因量的一百倍。腸道微菌叢主要是由絕對厭氧菌構成(佔約97%)，其總量遠超過於兼性厭氧性細菌及需氧菌。雖然目前已有超過五十種菌門的腸道細菌被發現，對於一個健康的成年人而言，其腸道內的微菌叢超過百分之九十八隸屬於以下四大菌門：厚壁菌門(Firmicutes)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、放線菌門(Actinobacteria)，以及變形菌門(Proteobacteria)。厚壁菌門佔腸道內約百分之六十四的細菌量，而擬桿菌門佔約百分之二十三的細菌量；這兩大菌門的細菌是人體腸胃道內含量最豐富的微菌叢。其他諸如：梭桿菌門(Fusobacteria)、疣微菌門(Verrucomicrobia)等細菌，則占有小於百分之二的菌叢量。除此之外，黴菌和古菌(Archaea)也佔有小於百分之一的微菌叢數量。

腸道的微菌叢攜帶了大量的基因庫，因而可以表現相當多元性的代謝功能，甚至能達成許多人體無法執行的作用，比如：製造維生素、合成必需胺基酸、代謝人體無法消化的醣類以獲得額外的能量、以及代謝轉化膽酸等等。大腸內的部分細菌帶有特定的酵素，可以發酵人體無法消化的醣類，進而產生短鏈脂肪酸；人體腸道內含量最多的短鏈脂肪酸分別是：丙酸、丁酸和乙酸，其中丙酸多為腸道內擬桿菌門(Bacteroidetes)的細菌所製造，而丁酸主要是由厚壁菌門(Firmicutes)的細菌所生成。這些短鏈脂肪酸不僅可以被腸道細胞快速吸收，更可以調節腸道細胞的基因表現、分化、增生和凋亡；而丁酸甚至被發現有抗發炎及抗癌的功能；其對腸道的正常生理及免疫功能都有著相當重要的作用。

腸道微菌叢的平衡及多樣性對於人體健康的維持有著莫大的影響，研究腸道微菌叢及其代謝機制將有助於我們更加了解其對於臨床疾病的影響，以及可能的新興介入治療模式。腸道微菌叢的組成在不同的地區和民族之間有著明顯的差異，台灣需要大家的共同努力，積極進行本土的腸道菌研究，將成果應用於臨床實務，進而嘉惠我們的患者。

以上內容節錄自：

人體腸道微菌叢之基本概念及簡介。臨床醫學月刊 84卷1期 (2019 / 07 / 26), 432 – 439.