由於腸道微菌叢除了協助人體分解、吸收養分之外，在維持新陳代謝、生長發育、以及免疫系統的正常運作也有著相當重要的腳色。要是腸道微菌叢遭到破壞而失去平衡，這些功能也將受到影響，甚至致病。腸道微菌叢的失調目前被認為與多種疾病有關連。將帶有健康菌叢的糞便移植到病患的腸道中，重建腸道微菌叢的多樣性與功能，或許能遏止疾病的進展，甚至治癒疾病。

目前衛福部特管辦法僅核准腸道微菌叢植入於困難梭狀桿菌感染(Clostridioides difficile infection, CDI)的治療。困難梭狀桿菌感染通常在長期住院、接受抗生素治療後，因腸道微菌叢失衡而產生，患者會出現腹瀉、腹痛、發燒及腸胃道出血等症狀，嚴重時可能致命。困難梭狀桿菌感染可以用口服抗生素治療，而抗生素難以治癒的頑固性感染，則需要依靠腸道微菌叢植入治療。

迄今，已有四百多件腸道微菌叢植入治療相關的臨床試驗登錄在國際資料庫中。腸道微菌叢植入除了被使用於腸胃道相關疾病的治療，如發炎性腸道疾病(Inflammatory bowel disease)、大腸激躁症(Irritable bowel syndrome)、腹瀉以外，也被廣泛應用於諸多不同系統的疾病，如移植物抗宿主疾病(Graft-versus-host disease)、肝腦病變(Hepatic encephalopathy)、多重抗藥性細菌帶原(Multi-drug resistance organism colonization)等，在試驗中都有良好的效果。而自閉症、病態性肥胖、代謝症候群，以及其他自體免疫疾病、神經退化性疾病，都有腸道微菌叢植入治療的試驗進行中。