我們除了執行困難梭狀桿菌感染的微菌叢植入治療之外，目前已有兩個臨床研究通過衛生福利部的許可，得以執行微菌叢植入於其他適應症的研究計畫，目前已通過的研究為微菌叢植入治療在根除腸道多重抗藥性細菌帶原與反覆性肝腦病變的治療效果。

根除腸道多重抗藥性細菌帶原

當病人因感染而接受抗生素治療後，可能會使原本存在於腸道的微量抗藥性細菌大量增生，過去文獻發現腸道帶有多重性抗藥性細菌的病人總體死亡率較未帶菌者高，這群人在日後也有較高的得到多重抗藥性細菌感染的機率，過去文獻也發現大多數腸道帶有多重抗藥性細菌的病人會帶菌超過一個月，甚至有二至三成的病人帶菌持續一年，長期多重抗藥性細菌帶原的狀況使得這群病人自身有較高感染症風險，也有可能傳染給其他人，目前並沒有很好的方式可以有效地永久清除腸道中的多重抗藥性細菌。

反覆性肝腦病變

正常情況下腸道微菌叢、肝臟及腦部之間會互相交流並維持平衡的狀態。而肝硬化患者體內的這個交互作用會失衡，影響氨的代謝，並導致高氨血症與肝腦病變。目前針對肝腦病變的治療是以乳果糖為主，然而，仍有許多病人在接受標準治療後仍有反覆肝腦病變發作的情形。

目前國外關於微菌叢植入治療在肝腦病變復發預防的臨床試驗認為這項治療可以顯著減少顯著肝腦病變的發生，並且改善認知功能、腸道微菌叢多樣性以及微菌叢功能。