部份脊柱裂患童可能只有很輕微的運動障礙，卻有很困擾的大小便問題。大小便失禁的問題嚴重影響到患童的交友及社交生活，造成嚴重的情緒行為問題,也造成整個家庭經濟,照顧及精神上的負擔。
理想的排便控制是希望能達到在四十分鐘內完成每次的排便以及每個月大便失禁次數少於一次的目標。開始排便的訓練最好與一般孩子類似，大約在兩三歲左右。處理的原則如下：
- 定時的排便(最好在進食後10-15分鐘如廁)。年齡很小的孩子可能一天兩次，在早餐及晚餐後；大一點的孩子可以一天一次，選在早餐或晚餐後；青少年以後兩天一次也無妨。
- 給予充足的水分及高纖飲食，有助於大便的排空。
- 有時還是需要借用以下外力來幫忙排便
- 戴手套以手指摳挖，將最外面很硬的大便挖出後，小孩才有辦法自解剩下的部份。
- 戴手套以手指伸入肛門做五次繞圓圈狀的刺激，可在進食後10-15分鐘去如廁時若仍無法順利排便時使用，每隔五分鐘刺激一次,直到排便。
- 服用口服緩瀉劑或肛門塞劑
- 生物迴饋訓練：需要患者要有很強的參與動機及合理的智能才有辦法訓練。
脊柱裂患者臨床上常合併的排尿異常包括小便解不乾淨、尿失禁、膀胱內壓過高、反複性的尿路感染，長年下來會影響到腎臟功能。平常觀察包括是否常在小腹摸到膀胱，是否常喊肚子痛、小便時尿道力量、是哭泣或腹部出力就會造成尿失禁。定期檢查則包含腎臟超音波、尿路動力學錄影檢查、核醫造影檢查以及腎功能檢查。
膀胱訓練的目標在避免或控制泌尿道的感染、保護腎臟功能及解決失禁的問題。處理的原則如下：
- 排空膀胱的方法
- 直接用手壓迫膀胱，或使用腹壓，但這兩種方法都會引起尿路回流。
- 每四至五個小時以乾淨導尿來排空小便，是當前最被接受及最廣泛使用的方式。學齡前由照顧者代為導尿，五至七歲應開始訓練患者自行單導。
- 在坐輪椅的十多歲女性患者或者是手功能不佳，無法自行單導者，留置尿管以排空小便可能較適當的選擇。
- 藥物的輔助
- 抑制逼尿肌收縮的藥物可減輕部份患者的尿失禁，降低膀胱內壓，避免尿路回流，是最常被使用的藥物；增加內括約肌緊度的藥物則可減輕部份患者的尿失禁，都應該在醫師指示下使用。
- 尿失禁的輔助用品
- 若在間歇單導及藥物的輔助下，仍然在兩次單導中間不可避免的有些少量的尿失禁問題，年齡小的患者可使用尿布,青少年以上的男性患者可使用尿套，女性患者則可根據量的多少使用生理期用的衛生棉墊。在適當的時機應配合外科手術，達到在兩次單導中間完全乾爽,無失禁之虞的目的。
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