兒童胃腸科主要為照顧急門診及住院病童的兒童腸胃肝膽相關疾病，包括急慢性腹瀉、腹痛、便秘、消化道出血、食道及胃腸功能障礙與疾病、腹部腫瘤， 各種肝膽疾病如急慢性肝炎、脂肪肝、膽道閉鎖、膽道囊腫、膽結石、肝膽腫瘤，及胰臟疾病與其他消化系疾病等。營養問題與疾病方面，包括生長遲緩、奶粉及副食品選擇、餵食困難、肥胖及小兒營養諮詢照會等。
本科的特殊檢查包括:
兒童超音波
透過此非侵襲性之檢查工具，可診斷常見的腸胃道疾病，包括腹痛、脂肪肝、肝功能異常等等，也可以診斷其他腹部急症如腸套疊、盲腸炎、腹膜炎、腹內膿瘍、腹部腫瘤等。本科備有兒童專屬的超音波室，可提供即時的檢查，達到當天就診當天檢查的一站式服務。在兒童專屬的超音波室裡，孩子更可以輕鬆的心情完成檢查，家長亦可在檢查當天得到報告與解釋。
兒童內視鏡
雖為侵襲性的腸道檢查工具，但在與麻醉科的合作下可以全程無痛進行。除診斷性內視鏡: 包括胃鏡、大腸鏡、小腸鏡、膠囊內視鏡外，也可以透過內視鏡偵測幽門桿菌、做組織切片檢查、食道靜脈曲張的結紮治療，腸道異物取出、消化道息肉腫瘤切除術、及各種止血治療等。
圖片說明:透過與麻醉科的合作，讓孩子可以在舒適又安全的環境完成無痛內視鏡的檢查
24 小時食道食道酸度監測儀
為診斷胃食道逆流最精確的檢查
氫氣吹氣測定檢查
可診斷乳糖不耐及小腸菌叢增生症等。
腸胃道各式病原菌檢查
包含腸道輪狀病毒、腺病毒、困難梭狀桿菌等快速檢定。只要帶糞便來就可以立即檢測。
跨團隊合作
在放射科及核子醫學科協助下，提供各類消化道攝影、膽道攝影、腹部電腦斷層及磁共震攝影、碳十三尿素呼氣測試、消化道出血檢查等。在兒童外科合作下，提供直腸抽吸切片檢查、兒童經皮內視鏡造瘻術及進行各種肝膽胰胃腸疾病手術。本院精良的外科技術和術後照顧更嘉惠許多因慢性肝臟疾病而需要換肝的病童。
圖片說明:透過多專科跨團隊的合作，成功創下最小年紀換肝的紀錄
如果有下列症狀時，可以掛小兒腸胃科
- 母乳哺育與嬰兒配方奶粉之指導、各種治療性奶粉及營養配方之正確使用、副食品的添加、較大嬰兒或孩童之正確營養指導。
- 各年齡層孩童生長遲緩、蛋白質能量營養不良症、體重過輕與厭食。
- 兒童肥胖、血脂肪過高、脂肪肝。
- 牛奶蛋白或食物過敏（餵哺牛奶或易過敏食物後發生嘔吐、腹絞痛、腹瀉、血便等症狀）。
- 嬰兒腹絞痛（嬰兒哭鬧不止，特別是在傍晚或夜間）。
- 嬰兒溢奶或嘔吐（如胃食道逆流、嬰兒期肥厚性幽門狹窄等）。
- 嬰幼兒腹脹、嘔吐、便秘（先天性巨結腸症、腸道神經發育不全、腸胃道蠕動病變等）。
- 嬰幼兒排便困難（肛裂、解硬便、數天不解便等）。
- 急性腸胃炎（嘔吐、腹痛、腹瀉、發燒等）。
- 慢性腹瀉（腸炎後腹瀉症候群、中猴症、嚴重營養不良等）。
- 急性腹痛（腸套疊、急性闌尾炎、嵌頓性疝氣等）。
- 慢性腹痛（頑固性便秘、腸躁症、慢性胃炎、慢性十二指腸炎、類過敏性紫斑腹絞痛等）。
- 消化性潰瘍（胃潰瘍、十二指腸潰瘍、幽門螺旋桿菌感染等）。
- 吐血及黑便（上消化道出血）、血便（下消化道出血）。
- 全身水腫或眼皮浮腫（蛋白質流失腸病變等）。
- 黃疸或淡黃灰白便（嬰兒肝炎症候群、膽道閉鎖）。
- 各種肝膽疾病（延遲性黃疸之鑑別診斷、細菌性或病毒性肝炎、先天性膽道囊腫、威爾森氏病、其他器官病變引起之肝膽疾病）。
- 其他消化道肝膽胰臟等任何與營養消化吸收代謝有關之疾病。
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